Shigellose systémique en Afrique du Sud

Contexte La maladie systémique due aux shigella est associée au virus de l’immunodéficience humaine VIH, malnutrition et autres états immunodéprimés. Nous avons examiné les caractéristiques cliniques et microbiologiques de la shigellose systémique en Afrique du Sud, où les taux d’infection par le VIH sont élevés. Des isolats ont été sérotypés et des tests de sensibilité aux antimicrobiens ont été effectués. Résultats La plupart des cas de shigellose systémique ont été diagnostiqués sur des hémocultures 408 sur 429 cas; La prévalence du VIH à 95% était de 67% 80 sur 120 cas, la plus élevée chez les patients âgés de 5 à 54 ans et plus élevée chez les femmes 55 sur 70 cas; 79% par rapport aux hommes 25 des 48 cas; 52%; P = 002 Les personnes infectées par le VIH étaient 41 fois plus susceptibles de mourir que les cas non infectés par le VIH, soit 29 sur 78 personnes infectées par le VIH [37%] contre 5 sur 40 personnes non infectées par le VIH [13%]; P = 008; Intervalle de confiance à 95% [IC], 15-118 Le sérotype le plus fréquent était Shigella flexneri 2a 89 des 292 sérotypes [305%] La résistance pentavalente est survenue chez 120 des 292 isolats 411% Il n’y avait pas de différence entre les patients multirésistants 33 71 patients [46%] et non infectés 12 sur 33 [36%]; IC 95%, 65–355Conclusions La shigellose systémique est associée à des patients infectés par le VIH, principalement chez les filles et les femmes plus âgées, potentiellement en raison du fardeau que représente le fait de s’occuper des enfants malades à la maison; les interventions doivent être ciblées ici Les taux de mortalité sont plus élevés chez les personnes infectées par le VIH que chez les personnes non infectées

Les shigelles sont parmi les agents pathogènes entériques les plus omniprésents et sont une cause majeure de dysenterie bacillaire dans le monde [1, 2] Les sérotypes de Shigella flexneri sont particulièrement courants dans les pays en développement, bien que des changements dans la prévalence des sérotypes aient été observés. paramètres [3, 4] Près de 70% des épisodes et 60% des décès concernent des enfants de moins de 5 ans La dose infectieuse est faible, et bien que la maladie soit principalement d’origine hydrique, la transmission fécale-orale est une voie importante pour l’acquisition de la maladie. 2] Les organismes sont hautement adaptés à l’invasion des muqueuses chez l’hôte humain et ont été associés à une maladie systémique [1] Les rapports de résistance, y compris aux fluoroquinolones, deviennent plus fréquents [2, 5] Méta-analyse des rapports publiés en Afrique suggère que <1% des bactériémies spécifiques à la cause sur le continent sont dues à Shigella [6] La bactériémie à Shigella et la maladie systémique sont néanmoins reconnues comme une pro blem chez les enfants, les nouveau-nés étant à risque accru [7-14] Depuis l'avènement du virus de l'immunodéficience humaine VIH, les cas chez les adultes sont de plus en plus reconnus [7, 15-23] L'immunité inadéquate semble jouer un rôle important dans le développement des la shigellose systémique, et les facteurs autres que le VIH qui jouent un rôle dans le développement de la maladie comprennent la malnutrition chez les enfants, le diabète et la malignité [9, 12, 13, 15, 24] peu de rapports sur la shigellose systémique. les connaissances sont tirées de rapports de cas plutôt que d'analyses de séries de patients [10, 13, 19, 21, 23, 25-30] Nous visons à décrire l'épidémiologie, les caractéristiques cliniques et la microbiologie des patients atteints de shigellose systémique de 2003 à 2009 en Afrique du Sud, un pays avec une économie émergente et où les taux de séroprévalence du VIH sont élevés, et la prévalence prénatale du VIH chez les femmes enceintes en 2008 était de 293% chez les femmes entre 15 et 49 ans [31]

Méthodes

Définition de cas

Depuis 2003, l’unité de référence des maladies entériques de l’Institut national des maladies transmissibles d’Afrique du Sud (EDRU), comme décrit ailleurs [32, 33], a mis en place une surveillance nationale active en laboratoire pour la shigellose invasive. Les laboratoires de microbiologie diagnostique en Afrique du Sud sont encouragés à soumettre des isolements de patients répondant à la définition de cas à EDRU, et des audits sont menés chaque fois que possible pour identifier les cas manquants, qui sont alors inclus dans la base de données Les audits n’ont pas pu être effectués au KwaZulu-Natal ou dans tous les laboratoires des autres provinces en 2003 et 2004 car tous les laboratoires ne disposaient pas d’un système commun d’information de laboratoire. 9 provinces, au moyen d’entrevues avec des patients, d’entrevues avec des parents ou de lits Cette revue inclut des données sur le statut sérologique VIH Résultats de l’épreuve immuno-enzymatique liée au VIH chez les enfants plus âgés et les adultes; La réaction en chaîne de la polymérase du VIH [PCR] donne des nourrissons, d’autres conditions immunosuppressives, les dates d’admission et de sortie, l’exposition aux antibiotiques et les résultats de la maladie. aucun suivi à long terme La gravité de la maladie aiguë a été évaluée à l’aide du score de bactériémie de Pitt, un système de notation antérieurement validé basé sur l’état mental, les signes vitaux, la ventilation mécanique et l’arrêt cardiaque récent [34-36 ]

Caractérisation de laboratoire

Tous les isolats de Shigella reçus sont sérotypés par l’unité de référence selon les méthodes établies Mast Diagnostics, Bootie, Angleterre Les concentrations minimales inhibitrices ont été déterminées pour les antimicrobiens suivants: ampicilline, amoxicilline-clavulanate, chloramphénicol, triméthoprime, sulfaméthoxazole, co-trimoxazole, tétracycline, streptomycine, kanamycine, acide nalidixique, ciprofloxacine, ceftriaxone et ceftazidime, en utilisant des bandelettes de test E, selon les instructions du fabricant AB-Biodisk, Solna, Suède La production de β-lactamase à spectre étendu est testée selon la méthode du double instructions du fabricant MAST Diagnostics, Bootie, Angleterre

Analyses statistiques

L’analyse univariée a été réalisée en utilisant le test χ2, Fisher exact, ou Mantel-Haenszel pour la comparaison des variables catégorielles. Le test for2 de tendance a été utilisé pour examiner le nombre d’isolats reçus année après année. Analyse réalisée avec le logiciel Epi Info, version 604d [37] et le logiciel Stata, version 9 StataCorp Ltd, College Station, TX Les valeurs P bilatérales de & lt; 05 ont été considérées comme significatives tout au long

RÉSULTATS

Tous les cas

De janvier 2003 à décembre 2009, nous avons identifié 429 cas confirmés en laboratoire de shigellose invasive, pour lesquels 387 étaient disponibles pour l’âge, et 292 étaient disponibles pour l’unité de référence pour les tests de sérotypage et de susceptibilité. Shigella pour 408 des 429 patients 95%, les patients restants avaient Shigella isolé du LCR 4 sur 429 patients [1%] ou d’autres sites stériles, y compris biopsie tissulaire ou liquide pleural 17 sur 429 patients [4%] Huit patients avaient des cultures fécales positives Shigella en plus de l’isolat provenant d’un site stérile L’incidence de Shigella invasive est passée de 011 à 013 pour 100 000 habitants de 2005 à 2009, culminant à 018 P = 935 en 2006 Les données de 2003 à 2004 ont été exclues de cette analyse. L’incidence était la plus élevée chez les enfants de moins d’un an suivis par les enfants âgés de 1 à 4 ans, avec un deuxième pic chez les personnes âgées de 1 à 4 ans. 15-54 ans Figure 1 Les âges des patients allaient de 1 jour à 84 ans en moyenne, 6 ans, et 227 sur 412 55% des patients pour lesquels le sexe a été enregistré étaient le sexe féminin n’a pas été enregistré pour 17 patients

Les taux d’incidence de tous les cas de Shigella invasif en Afrique du Sud en 2006 par groupe d’âge chaque année suivaient la même distributionFigure 1View largeDownload slideLes taux d’incidence de tous les cas de Shigella invasive en Afrique du Sud en 2006 par groupe d’âge chaque année suivaient la même distribution

Caractéristiques cliniques et épidémiologiques sur les sites de surveillance améliorée

Le statut VIH a été établi pour 120 des 210 patients admis dans 57% des sites de surveillance renforcée ou sentinelle; 80 de ces patients 67% étaient infectés par le VIH La prévalence du VIH parmi les sites sentinelles était plus élevée chez les patients âgés de 5-54 ans et significativement plus élevée 55 sur 70 [79%] chez les femmes que chez les hommes. ; P = 002 Le statut VIH était inconnu chez 38 des 86 44% des femmes et 48 des 86 56% des hommes aux sites de surveillance renforcée Il n’y avait pas d’augmentation significative de la prévalence du VIH chez les patients testés en 2003: 2 sur 3 [67%]; 2004: 8 sur 13 [62%]; 2005: 8 sur 12 [67%]; 2006: 11 sur 17 [65%]; 2007: 20 sur 24 [83%]; 2008: 13 sur 21 [62%]; 2009: 18 sur 30 [60%]; P = 602 Parmi les autres états immunosuppresseurs identifiés sur les sites sentinelles qui auraient pu contribuer à la shigellose invasive, citons la malnutrition protéino-énergétique du kwashiorkor chez 19 enfants de moins de 5 ans dont 6 infectés par le VIH, le diabète sucré n = 2, l’insuffisance rénale n = 3 malignité n = 1; Les diagnostics présentés sur les sites sentinelles étaient les suivants: diarrhée ou dysenterie 42 sur 210 [200%], bactériémie 122 sur 210 [580%], infection des voies respiratoires inférieures 34 sur 210 [160%], méningite 3 sur 210 [14%] et autres diagnostics 2 sur 210 [10%], avec 7 des 210 diagnostics 30% inconnuInformation sur la durée du séjour hospitalier était disponible pour 169 des 210 patients 80% Le temps passé à l’hôpital variait de 0 à 106 jours, avec une médiane de 7 jours Cinquante 172 patients 29% sont morts; 100% des décès sont survenus au cours des 3 premiers jours de traitement, le reste pendant l’hospitalisation actuelle. Cent vingt patients ont été récupérés ou transférés dans des centres de soins chroniques / démissionnaires et 2% ont refusé des soins hospitaliers. Vingt-huit pour cent 5 des 18 enfants infectés par le VIH et 5 ans sont décédés contre 14% 5 des 37 enfants non infectés par le VIH. = 236 Figure 2 Bien que la malnutrition protéino-énergétique soit associée à la mort chez 4 des 5 enfants non infectés par le VIH 80%, aucun facteur contributif n’a été enregistré pour 1 enfant sur 5 20% Aucun décès chez les adultes non infectés par le VIH % 22 des 56 adultes infectés par le VIH sont décédés Figure 2 Les décès étaient 32 fois plus susceptibles de survenir chez les adultes que chez les enfants 32 des 79 adultes [41%] vs 15 des 86 enfants [17%]; P = 001, intervalle de confiance à 95% [IC], 16-66 Dans l’ensemble, les cas d’infection par le VIH étaient 41 fois plus susceptibles de mourir que les cas non infectés par le VIH 29 sur 78 VIH infectés [37%] vs 5 [13%]; P = 008, IC à 95%, 15-118 Figure 2

Le taux de létalité des patients des sites sentinelles atteints de shigellose invasive en Afrique du Sud par groupe d’âgeFigure 2View largeDownload taux de mortalité des patients des sites sentinelles avec shigellose invasive en Afrique du Sud par groupe d’âgeSeverity des scores de maladie ont été entièrement enregistrés pour un petit nombre de patients seulement Parmi les 135 patients avec un score de bactériémie de Pitt calculé, 8 patients 6% avaient un score ≥ 4, tandis que les 127 autres patients 94% avaient un score & lt; 4 Avoir un score de bactériémie Pitt ≥4 était significativement associé à la mort 7 de 8 Pitt ≥4 [88%] vs 29 sur 124 Pitt & lt; 4 [23%]; OR, 23; Au moment de la présentation, le signe le plus fréquent de septicémie était la pyrexie chez 28 des 158 patients, 18%, 37 des 144 patients, 26% étaient désorientés et 3 des 144 patients, 2% étaient comateux. requis pour 8 des 158 patients 5% des lymphocytes CD4 étaient disponibles pour 33 des 80 patients infectés par le VIH 41%, dont 27% étaient des enfants de moins de 15 ans; Tous les enfants avaient 6 ans ou moins Huit 89% de ces enfants avaient un compte de CD4 ≤750 et un 11% avait un compte de CD4> 1500 Parmi les adultes, 18 70% avaient un compte de CD4 ≤50, 4 15% avaient un CD4 Un décès est survenu chez un nourrisson dont le taux de CD4 était ≥ 350, les patients restants ayant survécu. Des données sur l’accès à la prophylaxie par le cotrimoxazole ont été obtenues pour 125 patients, indépendamment du nombre de CD4 ≥350 effet. de l’état sérologique Parmi les 80 patients chez qui le statut VIH était positif, 18 23% étaient sous prophylaxie au cotrimoxazole. Seulement 15 patients 10% recevaient un traitement antirétroviral hautement actif; 13 étaient âgés de moins de 10 ans

Résultats microbiologiques

Le nombre d’isolats reçus est passé de 11 en 2003 à 39 en 2005 et 54 isolats en 2009 Au total, 292 isolats viables 68% ont été reçus de 429 cas Le sérotype de Shigella le plus couramment isolé des cas invasifs était S flexneri 2a 30%, suivi de S flexneri 1b 16% Tableau 1 Résistance pentavalente observée chez 120 des 292 isolats 41% Parmi les isolats de S flexneri 2a, 48 isolats 54% étaient résistants à ≥5 antimicrobiens et 2 isolats 23% produisaient des β-lactamases à spectre élargi; Tableau 1 Trente-sept isolats 77% de S flexneri 1b étaient résistants à ≥5 antimicrobiens et 1 isolat 21% était un producteur de BLSE La résistance pentavalente était moins fréquente chez les sérotypes restants, et un seul autre isolat avait une production de BLSE S sonnei phase II La résistance aux antibiotiques fluoroquinolones chez les Shigella invasives n’a pas été documentée, bien que la résistance à l’acide nalidixique soit apparue dans 4 isolats. Tableau 1 Aucune différence n’a été notée dans la survenue d’isolats multirésistants entre les 33 infectés par le VIH. 46% et patients non infectés 12 sur 33 patients [36%]; P = 334; IC à 95%, 65-355

Tableau 1 Schémas de résistance aux antimicrobiens chez les principaux sérotypes de Shigella associés à la shigellose invasive Sérotype Ampicilline Chloramphénicol Streptomycine Sulfaméthoxazole Triméthoprime Tétracycline Acide nalidixique Ciprofloxacine Production de BLSE S Type de flexion 2a n = 89 59 663 42 472 62 697 81 910 84 944 54 607 1 11 0 0 2 23 S flexneri type 1b n = 48 41 854 37 771 41 854 36 750 48 100 43 896 0 0 0 0 1 21 S sonnei phase I / II n = 45 6 133 1 22 38 844 42 933 44 978 32 711 0 0 0 0 1 22 S flexneri type 3a n = 33 8 242 0 0 5 152 33 100 33 100 4 121 1 30 0 0 0 0 S flexneri type 6 n = 14 6 429 2 143 5 357 14 100 14 100 2 143 0 0 0 0 0 0 Variante flexneri X n = 17 11 647 5 294 8 471 16 941 17 100 11 647 0 0 0 0 0 0 Variante flexneri Y n = 9 4 444 2 222 5 556 8 889 8 889 4 444 0 0 0 0 0 0 S flexneri type 3b n = 8 4 500 2 250 5 625 7 875 7 875 4 500 1 125 0 0 0 0 Sérotype Ampli icilline Chloramphénicol Streptomycine Sulfaméthoxazole Triméthoprime Tétracycline Acide nalidixique Ciprofloxacine BLSE Production S flexneri type 2a n = 89 59 663 42 472 62 697 81 910 84 944 54 607 1 11 0 0 2 23 S flexneri type 1b n = 48 41 854 37 771 41 854 36 750 48 100 43 896 0 0 0 0 1 21 S sonnei phase I / II n = 45 6 133 1 22 38 844 42 933 44 978 32 711 0 0 0 0 1 22 S flexneri type 3a n = 33 8 242 0 0 5 152 33 100 33 100 4 121 1 30 0 0 0 0 S flexneri type 6 n = 14 6 429 2 143 5 357 14 100 14 100 2 143 0 0 0 0 0 0 Variante flexneri X n = 17 11 647 5 294 8 471 16 941 17 100 11 647 0 0 0 0 0 0 Variante flexneri Y n = 9 4 444 2 222 5 556 8 889 8 889 4 444 0 0 0 0 0 0 S flexneri type 3b n = 8 4 500 2 250 5 625 7 875 7 875 4 500 1 125 0 0 0 0 Les données ne sont pas%, sauf indication contraire. Abréviation: BLSE, production de β-lactamases à spectre étenduView Large

DISCUSSION

En dépit de la prévalence d’autres maladies immunosuppressives telles que le diabète, la malignité et l’insuffisance rénale [27, 30, 46], nous avons constaté qu’il s’agissait d’une maladie rare chez les adultes, en l’absence de VIH. tenter d’extrapoler les données sur le VIH aux patients pour lesquels le statut VIH était inconnu, car les chiffres étaient faibles et il peut y avoir eu un biais de sélection chez les patients ayant des hémocultures. Néanmoins, ces données soulignent la forte association entre le VIH et les infections invasives. shigelloseComme commun avec d’autres rapports de la littérature, la plupart des patients présentaient un sepsis clinique, fréquemment suivi ou associé à des antécédents de gastro-entérite. Il n’y avait pas de caractéristiques cliniques exceptionnelles qui auraient donné une indication du diagnostic bactériologique. significativement associé à la mort Les auteurs précédents ont discuté de la pertinence de ce marqueur clinique dans La prédominance des femmes âgées infectées par le VIH par la shigellose systémique est notable et peut refléter le rôle des femmes dans les pratiques de soins aux enfants. en Afrique du Sud La prédominance des femmes infectées par le VIH par la shigellose invasive dans cette étude était supérieure de 79% aux chiffres publiés pour les taux de femmes séropositives en Afrique du Sud [47] Les femmes sont plus susceptibles d’être exposées aux agents pathogènes gastro-intestinaux. En outre, bien que le nombre soit faible, la shigellose invasive est apparue chez certaines femmes âgées non infectées par le VIH, mais un seul cas a été signalé chez un homme infecté par le VIH. Cette constatation met en lumière un certain nombre d’impératifs. Premièrement, dans le cadre de l’éducation des patients dans les cliniques VIH, interv Des précautions comme le lavage des mains, qui a prouvé son efficacité dans la prévention de la diarrhée, devraient être soulignées, étant donné l’association chez nos patients atteints de maladies gastro-intestinales [48] Deuxièmement, comme aucun adulte ne recevait d’antirétroviraux dans cette étude, que les antirétroviraux devraient devenir plus accessibles à la population sud-africaine dans le besoin [49, 50] Il semble improbable que le sérotype joue un rôle dans l’invasion, car la distribution du sérotype correspond aux données nationales qui reflètent principalement la distribution du sérotype dans la shigellose non invasive [32, 33] De même, l’apparition de la résistance aux antimicrobiens est comparable aux rapports d’autres pays [51-54] et il est peu probable qu’elle soit liée à la séroprévalence du VIH en Afrique du Sud, mais plutôt aux habitudes d’utilisation des antimicrobiens dans le pays. différence significative dans la résistance multidrogue entre les patients infectés par le VIH et les patients non infectés par le VIH avec une maladie invasive Nous sommes actuellement acter le BLSE produit par certains isolats [55], mais postulent que ces enzymes peuvent avoir été acquis en raison du nombre de patients qui passent de longues périodes en milieu hospitalier, en association avec le VIH et d’autres affections immunosuppressives Bien que les sérotypes associés à la shigellose en Afrique du Sud sont bien caractérisés, la prévention de l’infection entérique par la vaccination n’est pas envisagée dans un proche avenir [2, 51, 56], et l’infection systémique chez l’individu immunodéprimé restera probablement un problème en l’absence d’assainissement amélioré. Les données cliniques ont pu être incomplètes, les agents de surveillance ne pouvaient pas accéder au patient et comptaient sur les membres de la famille ou sur le lit des patients. lettres pour remplir les formulaires de rapport de cas Tous les patients des sites améliorés n’ont pas eu de Si ces résultats étaient disponibles, les différences d’infection par le VIH entre les sexes auraient été moins marquées, mais comme le rapport femmes / hommes dans ce groupe était de 08, nous pensons que cela n’aurait pas sérieusement affecté nos résultats. un système de surveillance de laboratoire plutôt qu’une étude de bactériémie, cette étude a eu une influence limitée sur la prise en charge clinique et les patients n’ont donc pas eu un accès complet aux diagnostics de laboratoire, tels que des échantillons de selles. En conclusion, nous avons constaté que la shigellose systémique est principalement associée à des patients infectés par le VIH en Afrique du Sud dans tous les groupes d’âge, bien que d’autres caractéristiques immunodéprimantes puissent y contribuer. La maladie chez les adultes touche particulièrement les femmes en âge de procréer , qui ont probablement le plus grand fardeau de s’occuper des enfants malades à la maison, et les interventions doivent être ta ciblé sur ce groupe

Remarques

Remerciements

Nous tenons à remercier nos nombreux partenaires du Groupe pour la surveillance des maladies entériques, respiratoires et méningées en Afrique du Sud GERMS-SA, Institut national des maladies transmissibles NICD, une division du NHLS, pour la soumission des isolats aux maladies entériques. Unité de référence des maladies EDRU GERMS-SA comprend Sandeep Vasaikar EC; Charles Feldman, Alan Karstaedt, David Moore, Jeanette Wadula, Maphoshane Nchabeleng, Bonnie Maloba, Kamaldeen Baba, Ruth Lekalakala, Kathy Lindeque GA; Yacoob Coovadia, Nomonde Dlamini, Meera Chhagan, Prasha Mahabeer, Halima Dawood KZN; Takalani Muditambi, Ken Hamese LP; Greta Hoyland, député de Jacob Lebudi; Stan Harvey, Pieter Jooste, Eunice Weenink NC; Andrew Rampe NW; Elizabeth Wasserman WC; Keshree Pillay, Chetna Govind LANCET; Adrian Brink, Maria Botha, Peter Smith, Inge Zietsman, Suzy Budavari, Xoliswa Poswa Ampath; Marthinus Senekal PathCare; Anne Schuchat, Stephanie Schrag CDC; Anne von Gottberg, Linda de Gouveia, John Frean, Bhavani Poonsamy, Desiree du Plessis, Nelesh Govender, Jaymati Patel, Mélodie Fortuin-de Smidt, Taskeen Khan, Olga Perovic et Claire von Mollendorf NICD

Aide financière

Ce travail a été soutenu par l’Institut National des Maladies Transmissibles NICD du National Health Laboratory Service NHLS et, en partie, pour 2003-2006 par des fonds de l’Agence américaine pour le développement international Antimicrobial Resistance Initiative, transféré via un accord de coopération subvention U60 / CCU022088 du Centre pour le contrôle et la prévention des maladies, Atlanta, Géorgie Pour 2007-2009, il a été soutenu par les Départements de la santé et des services humains HHS CDC, le Centre national pour le VIH / SIDA, l’hépatite virale, les MST et la prévention de la tuberculose. l’Accord de coopération GAP du Programme mondial de lutte contre le SIDA U62 / PSO022901 Le contenu relève de la seule responsabilité des auteurs et ne représente pas nécessairement les opinions officielles des CDC KHK, AS, VQ, CC, TN, CS, SS, AH, PN, EE, SH, AW sont des employés permanents de la NHLS et ne reçoivent aucun financement supplémentaire d’autres institutions entraînant un conflit d’intérêts. P CG et SM sont financés par la subvention U60 / CCU022088, et K P K est un membre du personnel de l’Université Emory, Atlanta

Conflits d’intérêts potentiels

Tous les auteurs: Aucun conflit rapporté Tous les auteurs ont soumis le formulaire ICMJE pour la divulgation des conflits d’intérêts potentiels Conflits que les éditeurs considèrent pertinents pour le contenu du manuscrit ont été divulgués