La réaction en chaîne de la polymérase en temps réel est-elle prête pour une utilisation réelle dans la détection de la candidémie

indications sur les espèces, telles que la croissance plus rapide de C glabrata en culture anaérobie que aérobie dans au moins un système [5] C glabrata et C albicans peuvent être identifiés en 3 h en utilisant un peptide commercial acide nucléique fluorescent hybridation in situ PNA FISH méthode [6] Pour une identification ferme des autres espèces de levure, une sous-culture et une incubation nocturne sont nécessaires pour isoler les colonies individuelles. Le laboratoire peut alors choisir parmi différentes techniques pour identifier la colonie de levures sur la sous-culture, le C albicans étant identifié le même jour. Comme pour la plupart des tests PCR et phénotypiques, l’identification est aussi bonne que la base de données. La désignation de l’isolat comme «non albicans» ne permet pas de prédire la résistance au fluconazole, car la plupart de ces espèces sont azolées. sensible comme C albicansPourquoi la PCR en temps réel est plus rapide que la culture de routine dépend de combien de fois le batch de PCR en temps réel est exécuté Le besoin de techniciens spécialement formés, un dedi La PCR en temps réel utilisée par McMullan et al [1] a débuté par la mise en place d’un test de PCR en temps réel. L’extraction manuelle de l’ADN à partir du sérum, suivie d’une PCR suivie d’un PCR en temps réel imbriqué Le temps d’intervention est considérable et coûteux. Les précautions extraordinaires requises pour cette procédure sont également préoccupantes. Les laboratoires de routine ont évité d’utiliser des techniques de PCR nichées. Les résultats faussement positifs sont difficiles à prévenir Il est souvent difficile de savoir si de tels résultats faussement positifs sont réellement faux ou s’ils détectent des taux de candidose inférieurs à la limite de l’hémoculture. PCR en temps réel imbriquée similaire a trouvé des résultats positifs pour Candida chez 27 des 113 patients fébriles immunosupprimés, dont seulement 3 avaient un résultat positif de culture sanguine [7] C’était impossible Dans cette étude, les auteurs ont pu déterminer si les résultats étaient faussement positifs ou s’ils reflétaient un test plus sensible de la candidose que l’hémoculture. L’utilisation d’antifongiques prophylactiques et empiriques chez les patients à haut risque complique encore l’interprétation. pas de définition utile de la candidose “invasive” profondément invasive; L’absence d’un étalon de référence au-delà de l’hémoculture a entravé et troublé le travail dans ce domaine diagnostique. L’hémoculture a l’avantage de détecter les bactéries et les levures dans le même système, y compris les cultures mixtes, tandis que McMullan et al. [1] ont conçu leur PCR en temps réel pour distinguer 4 espèces sensibles au fluconazole: C albicans, Candida tropicalis, Candida parapsilosis et Candida dubliniensis de chacune des deux espèces relativement résistantes au fluconazole. espèce C glabrata et Candida krusei Cette dernière espèce ne se trouve pas dans plus de 1% des isolats de Candida provenant de la circulation sanguine, mais C glabrata cause environ 15% -20% des cas de candidémie signalés dans les pays développés. C glabrata, pose la question de savoir s’il est nécessaire d’identifier rapidement cette espèce pour prévenir l’utilisation inappropriée du fluconazo Bien que certaines institutions utilisent une échinocandine pour traiter la candidémie jusqu’à l’identification de l’espèce, le coût et la question des CMI échinocandines supérieures pour la parapsilose C rendent ce choix moins évident pour chaque patient. Dans les 3 essais randomisés du fluconazole pour traiter la candidémie chez les patients non neutropéniques, le taux de réponse globale au fluconazole chez C glabrata était de 56% 31 des 55 patients versus 62% 165 des 265 patients atteints d’albicans C, de parapsilose C et d’infections sanguines C tropicalis [8-10] On devrait fusionner les résultats selon différents modèles d’étude Une explication de la réponse similaire dans les infections sanguines de C glabrata est que d’autres facteurs, tels que l’enlèvement des cathéters intravasculaires, l’état de défense de l’hôte du patient, et le soutien des soins intensifs , sont plus cruciaux dans la survie et la réponse ultime que le MIC de fluconazole Il ne semble pas évident qu’un patient administ Le fluconazole pour traiter la candidémie et dont l’état s’améliore nettement devrait être remplacé par une échinocandine ou une formulation d’amphotéricine B lorsque l’espèce est considérée comme étant C glabrata. On recommande d’éviter l’administration de fluconazole lorsque le patient a été exposé aux azoles le passé récent, est neutropénique, ou est en choc septique [11] C’est une décision prise au chevet du patient, pas dans le laboratoire de microbiologie. Actuellement, le rapport de McMullan et al [1] de PCR en temps réel imbriqué pour le diagnostic de la candidémie est mieux considéré comme une preuve de principe, un projet qui vaut vraiment la peine d’être étudié

Remerciements

Je remercie Yvonne Shea pour l’examen des manuscritsAssistance financière Institut national des allergies et des maladies infectieuses Programme intramural Conflits d’intérêts potentiels JB: no conflicts