Épidémiologie moléculaire des bacilles à Gram négatif des nouveau-nés infectés et des mains des agents de santé dans les unités de soins intensifs néonatals

Nous avons cherché à caractériser l’épidémiologie moléculaire des bacilles à Gram négatif provoquant des infections chez les nourrissons et associées au portage des mains des infirmières après l’hygiène des mains De mars à janvier, le GNB a provoqué% d’infections nosocomiales dans les unités de soins intensifs néonataux participants UNSI et ont été isolées des mains de% d’infirmières Cinq espèces: Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens et Enterobacter cloacae, toutes desquelles ont été tapées par électrophorèse sur gel en champ pulsé% des infections du GNB Globalement,% d’infections ont été causées par des souches uniques non cultivées chez d’autres nourrissons ou des infirmières, et% des infections faisaient partie de groupes moléculaires non reconnus. En revanche, seulement% des souches qui ont provoqué des infections ont été cultivées dans les mains des infirmières. l’hygiène est nécessaire pour prévenir la transmission horizontale du GNB dans l’USIN

Infections associées aux soins de santé chez les nourrissons des unités de soins intensifs néonatals Les unités de soins intensifs néonatals sont associées à une morbidité et à une mortalité substantielles, et les taux d’infection atteignent jusqu’à [%] Le système national de surveillance des infections nosocomiales a identifié les bactériémies et les pneumonies comme les infections les plus courantes dans cette population. Bien que les cocci à Gram positif soient les pathogènes les plus courants chez les patients de l’USIN, les taux de morbidité et de mortalité sont les plus élevés. causée par des pathogènes gram-négatifs et de la levure Des études récentes ont indiqué que l’incidence des infections bactériennes à Gram négatif chez les USNI pourrait augmenter Les éclosions d’infections causées par des bacilles à Gram négatif sont bien reconnues tente cependant de caractériser de manière prospective l’épidémiologie des maladies infantiles endémiques L’importance relative des agents de santé dans la transmission horizontale des pathogènes à Gram négatif reste à élucider pour traiter plus avant l’épidémiologie des agents pathogènes à Gram négatif chez les patients de l’UNSI, nous avons utilisé le typage moléculaire pour identifier les clones partagés entre les nourrissons et déterminer si les mains des infirmières portaient les mêmes contraintes que celles qui causent des infections chez les nourrissons. Nous avons donc cherché à déterminer la fréquence relative de transmission horizontale potentielle entre les patients et les travailleurs de la santé. à l’USIN

Sujets et méthodes

Sites étudiés Cette étude faisait partie d’un essai clinique plus vaste mené de mars à janvier pour examiner les effets des pratiques d’hygiène des mains sur les infections associées aux soins chez les nouveau-nés gravement malades. L’étude a été réalisée dans des UNSI de niveau III-IV, UNSI et NICU , qui font partie du New York Presbyterian Hospital de New York Tous les nouveau-nés hospitalisés pendant au moins h et tous les membres du personnel infirmier ont été inclus dans l’étude Surveillance des infections associées aux soins, telle que définie par le système NNIS et adaptée aux nouveau-nés, a été effectuée de façon prospective par un agent de surveillance qualifié Les sources de données comprenaient les dossiers de laboratoire, de radiologie et de pharmacie; dossiers médicaux des patients; l’information du médecin et du personnel infirmier; observation directe des nouveau-nés Des cultures de sang, d’appareil respiratoire, de conjonctive, de peau et de tissus mous et du SNC ont été effectuées par le personnel de l’USIN, selon les indications cliniques. Comme décrit ailleurs Les participants n’ont pas été informés des résultats de leurs cultures de main Les comités d’examen institutionnel des deux institutions ont approuvé cette étude et les infirmières participantes ont signé des formulaires de consentement. Klebsiella pneumoniae, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens et Enterobacter cloacae Ainsi, ces espèces ont été choisies pour le typage moléculaire PFGE a été effectué sur tous les isolats disponibles associés aux infections chez les nourrissons, à l’exception des isolats multiples de la même espèce obtenus à partir du même nourrisson dans une période de la semaine qui expose Différences de sensibilité aux ⩾ agents antimicrobiens De même, le typage moléculaire a été effectué sur des isolats de ces espèces portés par les infirmières participantes. Typage moléculaire Pour l’analyse PFGE, des souches ont été inoculées en mL de bouillon nutritif et incubées h à ° C avec agitation pour atteindre Croissance exponentielle Des bouchons d’agarose ont été préparés à partir des cultures, et les cellules bactériennes ont été lysées dans les bouchons. L’ADN génomique extrait a été digéré par les endonucléases de restriction suivantes: Spel pour E cloacae, P aeruginosa, et ADN de S marcescens; XbaI pour l’ADN de K pneumoniae; Les fragments d’ADN ont été séparés par PFGE avec le système Chef Mapper Bio-Rad Une analyse de cluster a été effectuée sur les modèles PFGE, et la similarité a été calculée en utilisant le logiciel Molecular Analyst Fingerprinting Plus Bio-Rad pour déterminer la parenté des souches. Un dendogramme a été généré en utilisant la méthode des groupes de paires non pondérés avec des moyennes arithmétiques et des coefficients Dice pour chaque organisme Nous avons défini les souches génétiquement apparentées lorsque le niveau de similarité était de ⩾%. et les données des infirmières ont été saisies dans un logiciel statistique Stata, version; Stata Nous avons identifié les groupes moléculaires comme étant des ⩾ apparentés aux isolats tels que définis ci-dessus qui étaient partagés entre les nourrissons ou entre les nourrissons et les infirmiers. Les grappes étaient classées selon qu’elles avaient été préalablement identifiées par des moyens épidémiologiques ou cliniques ou n’avaient jamais été identifiées. ont été comparés en utilisant le test exact de Fisher ou le test Pear de Pearson. Le niveau de signification en queue, α, était & lt;

Résultats

Isolats associés aux infections Globalement, les nourrissons ont été inclus dans l’étude Au cours de la période d’étude,% des infections étaient causées par des bacilles gram-négatifs, dont% étaient causés par les espèces les plus communes. ces espèces sont montrées dans le tableau Conjonctivite et BSI étaient les infections les plus communes, chacun représentant% des infections diagnostiquées pendant la période d’étude La majorité des isolats -% de – étaient disponibles pour la dactylographie

Tableau View largeTélécharger des bacilles de Gram négatif associés au portage des nourrissons et aux infections infantilesTable View largeTélécharger des bacilles de Gram négatif associés au portage infirmier et aux infections infantilesIsolats associés au portage manuel Dans l’ensemble,% des infirmières admissibles ont accepté de participer à l’étude. Trois infirmières de l’USIN se sont retirées de l’étude après avoir obtenu un résultat positif à la culture manuelle. Les cultures manuelles ont été effectuées en moyenne à l’USIN et un nombre de fois / infirmière en USIN a été isolé au moins une fois. % d’infirmières Parmi ces infirmières, les cultures abritaient ⩾ du tableau des espèces d’intérêt; avait un résultat de culture de main positive, et avait & gt; Dans l’ensemble, le% d’isolats étaient disponibles pour le typage. Comme le montre le tableau, K pneumoniae était l’agent pathogène le plus fréquemment isolé chez les nourrissons% et l’organisme le plus commun isolé des mains des infirmières. % E cloacae était la seule espèce isolée plus souvent des mains des nourrices% que des nourrissons% P =, selon le test Pear de Pearson La prévalence des autres espèces ne différait pas significativement entre les nourrissons et les nourrissons Typage moléculaire La majorité des clones étaient uniques et Parmi les isolats de nourrissons disponibles pour la dactylographie,% d’entre eux étaient une souche unique. De même, parmi les isolats dactylographiés à partir des mains des infirmières,% d’entre eux étaient uniques à une seule infirmière et n’étaient pas partagés entre les nourrissons et les nourrissons. non partagé avec des nourrissons ou d’autres infirmières Seulement un% des souches dactylographiées des nourrissons ont été isolées des mains des infirmières Dans ce petit échantillon, K pneumoniae a Les souches de S marcescens étaient significativement plus susceptibles d’être partagées entre nourrissons et infirmières que celles de P aeruginosa, E coli ou E cloacae P =, selon le test exact de Fisher En outre,% des isolats cultivés à partir des mains des infirmières étaient partagés avec d’autres infirmières , desquels figuraient E cloacae et dont S marcescens

Figure Vue largeDownload slideDistribution de clones nourrissons et nourrissons identifiés comme des souches uniques, des souches partagées entre les infirmières et les nourrissons, et des souches partagées entre les infirmières ou chez les nourrissons. souches partagées entre les infirmières ou parmi les nourrissons

Figure Vue largeDownload slidePFGE de Enterobacter cloacae Lane, λ marqueur; voies -, clone partagé par les infirmières dans l’unité de soins intensifs néonatals NICU; voies et, clones uniques de nourrissons dans NICU; voies -, clones uniques des voies réservées aux nourrices et aux nourrissons et de l’USIN; voie, clone unique d’un nourrisson à l’USIN; voie, clone unique d’un nourrisson de l’unité de soins intensifs néonatals (NICU) Figure Vue largeDownload slidePFGE de Enterobacter cloacae Lane, λ marker; voies -, clone partagé par les infirmières dans l’unité de soins intensifs néonatals NICU; voies et, clones uniques de nourrissons dans l’USIN; voies -, clones uniques des voies réservées aux nourrices et aux nourrissons et de l’USIN; voie, clone unique d’un nourrisson à l’USIN; Voie, clone unique d’un nourrisson de l’USIN Les clusters moléculaires reconnus et non reconnus des infections infantiles sont présentés dans le tableau Globalement,% des infections infantiles sont survenues dans des clusters non reconnus auparavant Il y avait des clusters d’infections à K pneumoniae. in, tel que rapporté ailleurs Les résultats de PFGE de souches sélectionnées de K pneumoniae sont montrés dans la figure Typage moléculaire des groupes révélés de S marcescens, comme rapporté ailleurs , et un groupe précédemment non reconnu impliquant des nourrissons Des espèces restantes-E coli, P aeruginosa E cloacae – il y avait – clusters auparavant non reconnus par espèce Il y avait des cas de clones partagés entre les nourrissons hospitalisés en USIN et ceux en USIN De même, le clone était partagé entre un nourrisson de l’UNSI et une infirmière de l’USIN. compte de ces occurrences

Tableau View largeTélécharger des clusters moléculaires d’infections infantiles précédemment reconnues et non reconnuesTable View largeTélécharger des clusters moléculaires d’infections infantiles précédemment reconnus et non reconnus

Figure vue grandDownload slidePFGE de Klebsiella pneumoniae Lane, λ marqueur; voies et, clone unique isolé de l’infirmière à des occasions distinctes; voies et, clone partagé entre un nourrisson et une infirmière de l’unité de soins intensifs néonatals NICU; voie, clone unique d’un nourrisson à l’USIN; voies et, clone unique isolé de l’enfant à des occasions distinctes; voies et, clone unique isolé de l’enfant à des occasions distinctes; voie, clone unique d’une infirmière de l’USIN Figure Vue largeTéléchargePFGE de Klebsiella pneumoniae Voie, λ marqueur; voies et, clone unique isolé de l’infirmière à des occasions distinctes; voies et, clone partagé entre un nourrisson et une infirmière de l’unité de soins intensifs néonatals NICU; voie, clone unique d’un nourrisson à l’USIN; voies et, clone unique isolé de l’enfant à des occasions distinctes; voies et, clone unique isolé de l’enfant à des occasions distinctes; voie, clone unique d’une infirmière de l’USIN

Discussion

Dans le rapport du NNIS, bien que le pourcentage d’infections sanguines soit attribuable aux cocci à Gram positif, le pourcentage d’infections associées aux soins de santé dans les USIN était dû à des bactéries Gram négatives. bacilles Les organismes gram négatifs représentaient% des septicémies tardives chez les nouveau-nés ayant un très faible poids de naissance et, dans une enquête nationale de prévalence ponctuelle menée en août,% des infections nosocomiales étaient dues à des pathogènes Il s’agit de la plus grande étude prospective sur le potentiel de transmission horizontale des bacilles gram négatif chez les nourrissons de l’UNSI utilisant des techniques de typage moléculaire. Plus de la moitié des infections de notre étude ont été causées par des clones uniques. les clones étaient partagés entre les nourrissons. Cela incluait le% d’infections infantiles dues à des groupes moléculaires qui n’étaient pas reconnus au cours de la période d’étude par les travailleurs de la santé traitant les nourrissons anis. Des études antérieures ont montré que La majorité des nourrissons ayant une colonisation gastro-intestinale avec des bacilles à Gram négatif hébergent des clones uniques; seulement% -% des clones étaient partagés entre les nourrissons Bien que nous ayons également constaté que la majorité des infections dues aux bacilles gram-négatifs étaient causées par des clones uniques, nous avons trouvé qu’un pourcentage significativement plus élevé de clones étaient partagés Contrairement à ce qui a été rapporté précédemment sur la colonisation par des bacilles à Gram négatif, notre étude a examiné les infections dues aux bacilles à Gram négatif. Cette différence peut expliquer le pourcentage plus élevé de clones partagés noté dans notre étude. ; En outre, nous supposons que l’utilisation accrue d’agents antimicrobiens, qui exercent une pression sélective sur la flore néonatale et qui aboutit à des organismes résistants, peut avoir contribué à accroître la probabilité d’infection par le virus. clones partagés Comme preuve, le site d’étude présentait une prévalence accrue de K pneumoniae produisant des β-lactamases à spectre étendu , ainsi qu’une prévalence accrue de la résistance antimicrobienne globale dans les isolats de nourrissons comparés à ceux associés au portage manuel. % des souches récupérées des nourrissons avaient le même type que celles isolées des mains des infirmières K pneumoniae, précédemment connu pour être couramment isolé des mains des infirmières , était le bacille gram négatif le plus répandu cultivé dans les mains des infirmières et a été associée aux infections les plus cliniques chez les nourrissons Notre étude a indiqué une probabilité potentiellement plus élevée de c transmission croisée avec certains bacilles à Gram négatif, comme avec K pneumoniae et S marcescens, par les mains des agents de santé Pour d’autres, tels que E coli et P aeruginosa, qui ne survivent pas bien sur la peau , réservoirs environnementaux sont plus susceptiblesCette étude présentait plusieurs limites. Premièrement,% des échantillons de nourrissons n’étaient pas disponibles pour le typage moléculaire. Deuxièmement, seulement% du personnel infirmier participant à l’étude Troisièmement, nous n’avons pas évalué les réservoirs environnementaux ni le transport manuel par les autres membres du personnel. Les cultures plus fréquentes peuvent avoir isolé un plus grand nombre de souches partagées, ou nous avons trouvé plus de souches partagées si nous avions cultivé des mains avant plutôt qu’après l’hygiène des mains. Cependant, il est peu probable que la pratique de l’hygiène des mains ait un impact. la proportion relative de la flore gram-négative Enfin, bien qu’il y ait eu des épisodes d’infection impliquant des clones partagés entre NICU et USIN, nous n’avons pas d’épidé lien moléculaire pour ces occurrences On ne sait pas si cela est dû à un manque de données épidémiologiques ou à une limitation du pouvoir discriminant de notre méthode de typage moléculaire. En conclusion, cette étude a utilisé le typage moléculaire pour élargir les données observationnelles sur l’épidémiologie de la transmission endémique. Les bactéries gram-négatives à l’USIN Près d’un tiers des infections faisaient partie de groupes moléculaires non reconnus En outre, bien qu’il y ait eu un certain partage de clones entre les nouveau-nés et les infirmières, cela semblait moins commun avec les bacilles gram- cocci positif; le typage moléculaire des pathogènes à Gram positif comme S epidermidis a démontré une prédominance des clones partagés chez les nourrissons Ceci n’est pas surprenant, car les cocci à Gram positif colonisent plus souvent la peau. Le risque de transmission horizontale par les mains avec certaines bactéries gram-négatives K pneumoniae et S marcescens, malgré le fait que les mains des infirmières ont été pratiquées après l’hygiène des mains Ceci suggère que, bien que les bonnes pratiques d’hygiène des mains soient clairement importantes, l’hygiène des mains peut être insuffisante prévenir la transmission horizontale des agents pathogènes à Gram négatif observés à l’UNSI D’autres études examinant d’autres réservoirs potentiels et facteurs de risque sont nécessaires